The Maharal was talking about Halacha seforim like the shulchan aruch which give you the bottom line Halacha with no reasons. That is the difference between those and the Gemara. The Gemara doesn’t just give you bottom line Halacha it goes through the whole process of derivation, explanations, questions and answers. If you just learn something like Rambam or shulchan aruch you will know what to do but you have no idea why, how it works etc. Likewise, if a case comes before you that is not in the Sefer you are helpless, you have no tools to answer the question. That was the maharls main objection.